肛乳头肥大的治疗与具体的病情轻重有关。若病情较轻，肛乳头体积相对较小，可仅采取保守治疗。但若出现了明显症状，则需要采取药物、手术等治疗措施，其中手术治疗为最主要的治疗方法。
1、保守治疗：若肛乳头肥大病情较轻，肛乳头体积相对较小，可暂不采取特殊治疗。患者可调整日常饮食，减少辛辣刺激性食物摄入，多食瓜果蔬菜及富含膳食纤维的食品，以保持大便通畅。也可日常进行温水坐浴，以促进血液循环，减轻局部炎症。
2、药物治疗：患者可在医生指导下局部应用有止痛、消炎作用的软膏或栓剂，也可口服抗生素以治疗炎症。需注意，药物治疗仅能缓解症状，减轻病情，并不能去除病变组织。
3、手术治疗：可直接手术切除肥大的肛乳头，或进行结扎手术，在乳头根部用丝线结扎，阻断血供，使其坏死脱落。还可以采取电灼术，用高频电灼探头，将肥大的肛乳头烧灼炭化。
需要注意的是，肛乳头肥大本身存在一定的恶变风险，且易与直肠息肉等其他病变混淆，因此术后通常需将切除肿物送病理检查，以明确诊断，了解有无癌变等不良情况发生。