大多数肛瘘的形成，与直肠肛管内的腺体（肛腺）发生感染有关。肛腺感染可以引起肛门直肠周围脓肿、当脓肿破裂或切口引流可形成异常通道，如果通道不能愈合就会引起肛瘘。
1、肛腺感染：正常情况下，肛腺具有分泌黏液、润滑肛管的作用，有助于粪便的排出。如果肛管、直肠内的细菌，从肛窦沿肛腺导管口侵入肛腺，就会引起肛腺感染。
2、脓肿形成：肛腺感染极易发生扩散、蔓延，进而可以形成肛门直肠周围脓肿。随着病情发展，脓肿逐渐增大而发生破裂或经手术切开引流，通常会形成一个外开口在肛周皮肤的通道，脓肿内的脓液会沿着这个通道排出体外。
3、肛瘘形成：在恢复过程中，如果外口提前愈合，而内部脓液尚未排净或发生反复感染，就会导致脓肿持续存在或反复发作，致使通道难以愈合或形成多个新的通道和外口，进而导致肛瘘形成。
除了肛腺感染因素外，肛裂、痔疮、注射治疗、肛周皮肤感染、溃疡性结肠炎、克罗恩病、结核、糖尿病等疾病，以及会阴部手术、外伤也可能会导致感染，进而引起继发性肛瘘。
值得注意的是，无论何种原因引起的肛瘘，患者都需要及时到正规医院的肛肠外科就诊，由专科医生根据具体病情进行手术治疗，从而去除异常通道、预防感染蔓延、尽量减少肛管括约肌损伤，并降低复发风险。患者不能讳疾忌医，以免对日常生活及身心健康造成不利影响。