肛周脓肿如果不治疗，病情会不断加重，出现肛瘘、脓毒血症、坏死性筋膜炎等严重并发症。
1、肛瘘：未经治疗的肛周脓肿可能会继续增大，最终导致脓肿自行破裂，不仅会出现剧烈疼痛等症状，还会导致肛周皮肤破损，形成肛瘘。若发生肛瘘后仍未进行积极治疗，反复发作的脓肿会形成多个瘘管和外口，使单纯性肛瘘成为复杂性肛瘘，甚至发生癌变。
2、脓毒血症：如果肛周脓肿未得到及时治疗，炎症会随着肛管直肠周围的间隙，不断蔓延扩散，形成肛管直肠邻近区域多发的脓肿病灶，继而进入血液循环，导致全身感染，发生脓毒血症。患者会出现寒战、高热、心慌、气促等严重感染症状，继而发展为感染性休克，最终导致死亡。
3、坏死性筋膜炎：肛周脓肿如果未经及时治疗，在极端情况下，感染会侵入周围筋膜，致病菌迅速繁殖，导致坏死性筋膜炎。虽然较为罕见，但一旦发生，感染会迅速传播，造成大量组织坏死，对患者生命构成严重威胁。
综上，肛周脓肿若不进行治疗，许多并发症都可危及生命。所以患者应及时就医，一旦明确诊断，就立刻进行切开引流以控制病情、减轻感染，以免发生不良预后。