肛周脓肿的病因主要为肛腺感染，肛周皮肤感染、外伤也可继发肛周脓肿。
1、肛腺感染：绝大多数的肛周脓肿都由肛门腺体感染引起，这是由于肛腺的生理结构决定的。肛腺开口于肛窦，而肛窦开口向上呈口袋状，容易存留粪渣和肛腺分泌物，继而引发肛窦炎。炎症沿直肠肛管周围疏松的结缔组织间隙扩散，可形成肛周脓肿。
2、肛周皮肤感染：肛周皮肤湿疹、皮炎等皮肤感染，也可能扩散至肛周皮下间隙，导致脓肿形成。
3、外伤：肛门异物、摔伤、划伤等肛门直肠周围的外伤，会损伤肛周组织，伤口处可继发细菌感染，继而造成肛周脓肿。
4、其他原因：若患者患有糖尿病、艾滋病、血液系统疾病等慢性基础病，或正在接受免疫抑制治疗，机体免疫力下降。免疫功能受损的患者更容易受到各种细菌感染，且无法及时清除病菌，控制炎症，导致感染扩散，形成肛周脓肿。
综上，绝大多数的肛周脓肿都由肛门腺体感染引起，因此，保持良好的肛周卫生能在一定程度上预防肛周脓肿发生，比如勤换洗内裤、每天用温水清洗肛门部位、保持大便通畅、预防便秘腹泻等。