肛周脓肿的手术方式有肛周脓肿切开引流术和根治性手术。
1、切开引流术：是较为常用的手术，适用于各种肛周脓肿。其是将脓肿表面切开，放置引流物促进脓液排出，待脓液排尽后切口自然愈合，即可治愈肛周脓肿。需要注意的是，若脓肿较大，脓液排出后脓腔缩小易形成肛瘘，此时待炎症水肿消退后，常需要进行二次手术来处理肛瘘。
2、根治性手术：适用于表浅的肛周脓肿，因浅表脓肿的脓腔较小，且易于探查。手术会在肛门外做一个切口，将脓液排出，再从切口探向肛门内，找到内口，将外口到内口之间全部切开，使脓腔充分暴露。这样在愈合时肉芽组织就会从脓腔底部向上生长，不会留有空腔瘘道，肛周脓肿就会彻底痊愈。
临床上，手术方式的选择，需要综合脓肿部位、病情轻重、患者意愿、医生技术等多种因素考虑，不能一概而论认为某一种手术方式是最好的。患者应配合医生完善检查，充分了解病情并与医生沟通后，选择最适合自己的手术方案。