肛周脓肿复发后，患者应尽快就诊进行手术治疗。根据脓肿部位及并发病变，会采取不同的手术操作。
1、浅表脓肿：浅表脓肿的切开引流可在局部麻醉下进行，手术过程中即可让大部分脓液排出，然后在脓腔内填塞纱布止血并帮助引流。
2、深部脓肿：深部脓肿需要在腰麻或全麻下进行，根据脓肿位置，手术中需要建立引流通道来帮助脓液排出，比如经括约肌间扩散形成的肛提肌上脓肿，术中需切开括约肌。深部脓肿切开后需放置引流管辅助引流，且切口应尽可能大一些，避免皮肤先于脓肿愈合，引流不完全造成复发。
3、肛周脓肿并发肛瘘：若并发肛瘘，可先对脓肿进行切开引流，待炎症水肿消退后，再进行二次肛瘘切开或切除术治疗。也可以在切开引流时同时找到窦道和内口，一并切除。二次手术的并发症较少，适合复杂的肛瘘，同期手术需要医生有充分的手术经验，具体手术方案的选择应综合具体病情、患者意愿等多种因素考虑后选择。
4、肛周脓肿合并会阴部坏死性筋膜炎：需要充分切除坏死皮肤及筋膜，多次清创后才能彻底清除病变，达到痊愈。由于术中损伤大，且需要反复清创，坏死性筋膜炎虽然罕见，但整体病死率较高，需要重视病情。
由于肛周脓肿多由肛腺感染引起，术前术后患者都需要遵医嘱服用抗生素类药物进行抗感染治疗，充分的抗感染治疗能彻底清除致病细菌，减少复发可能。