肛周脓肿不会传染，但引起肛周脓肿的病因可能为传染性疾病。
绝大多数肛周脓肿，是由肛腺感染通过肛管直肠周围的疏松结缔组织间隙扩散形成的，脓肿通常局限于间隙内，不会传播病菌。即使脓肿因病情加重而自发破溃，也多半是将炎症扩散至体内其他部位，不会向体外播散。而且肛腺感染的致病菌多为金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等，这些细菌普遍存在于人体中，不会对健康人群造成感染。
少数肛周脓肿可继发于某些传染病，比如结核性肛周脓肿，患者体内可能存在肺结核、肠结核等病灶，结核杆菌通过血液、淋巴循环，可扩散至直肠肛管周围，形成肛周脓肿。结核病患者可将结核杆菌会排出体外，导致传染。但这是结核病的传染，不是肛周脓肿的传染。
需注意，虽然肛周脓肿不会传染，但患者可能存在有传染性的原发病，而且如果皮肤黏膜存在破损，接触脓肿破溃处，还是可能发生伤口感染。所以与肛周脓肿患者接触时，仍需做好消毒防护措施，如戴手套、勤洗手等，以降低发生感染的风险。