肛周脓肿会复发，若治疗不彻底、患者免疫力低下，则可能发生复发。
1、治疗不彻底：若手术未能完全去除脓肿，比如引流不完全，或存在多个脓肿病灶，手术时遗漏了深部的隐蔽脓肿，那么残留的脓液中的致病菌会在治疗完成后继续繁殖，从而导致肛周脓肿复发。另外，虽然手术彻底清除了脓肿，但若后续抗感染治疗不充分，体内仍存在原发感染，那么也可能发生肛周脓肿复发。
2、免疫力低下：若患者患有糖尿病、艾滋病等疾病，或正在接受免疫抑制治疗，由于自身免疫力低下，难以如常人一般抵抗感染。这类患者更容易发生肛周感染，继而引起肛周脓肿的反复发作。另外，如果患者有不注意个人卫生、久坐、嗜好辛辣等不良生活习惯，可能导致肛门局部的防御力下降，也会导致肛周脓肿复发。
综上，肛周脓肿有一定的复发可能，因此，患者在术后要遵医嘱按时用药并及时复查，以便及时发现复发并进行治疗处理。