肛周脓肿仅在极少数情况下可能自愈，绝大多数患者仍需要积极治疗。
1、可以自愈的情况：若患者体质较好，在肛周脓肿的早期，通过自身免疫系统发挥功能，能够及时清除致病细菌，从而控制病情，使脓肿逐渐自行消退，达到自愈的目的。但这种情况很少见，而且整个过程中可能伴随着剧烈疼痛、高热等症状。
2、不能自愈的情况：绝大多数患者在不进行治疗的情况下，很难自愈，而且肛周脓肿为急性炎症，疾病易扩散至其他间隙，形成多发脓肿，甚至引起全身感染。若病情不断加重，脓肿还可自行破溃，形成肛瘘。这些严重的并发症若不及时处理，可能会危及患者生命。所以确诊为肛周脓肿的患者，建议尽早就医切开引流，以控制病情。
总之，肛周脓肿虽然能够自愈，但极少会自愈，患者还是应该积极就医，主动配合治疗。大部分肛周脓肿在切开引流之后可以痊愈。