肛周脓肿应就诊于肛肠外科或普通外科，具体科室应根据就诊医院的科室设立情况而决定。
肛周脓肿，广义上指的是直肠肛管周围软组织及周围间隙内发生的急性化脓性感染。肛周脓肿的病因多为肛窦炎、肛裂、肛周皮肤感染等肛门病变，患者主要以肛周皮肤红肿、疼痛为主要症状就诊。而且肛周脓肿主要采取手术切开引流，保守治疗仅作为辅助治疗措施，所以，患者应当在肛肠外科就诊，若医院未设立专门的肛肠外科，也可到普通外科就诊。
部分患者的肛周脓肿可能继发于克罗恩病、糖尿病、结核病、艾滋病等疾病，且由于脓肿位置较深，局部症状不明显，往往以发热、头痛、乏力等全身中毒症状就诊。这种情况下患者可先于原发病的相应科室就诊，进行相关检查确诊为肛周脓肿后，再转诊至肛肠外科。
综上，多数患者应于肛肠外科或普通外科就诊，若患者不确定自己的具体情况，可在医院导诊处咨询医护人员后于相应科室就诊。肛周脓肿一经确诊，需立即切开引流，以免感染扩散，引起全身的脓毒血症，造成严重后果。