肛周脓肿手术后可能会复发。肛周脓肿手术的方式包括切开引流术和根治性手术。
1、切开引流术：是肛周脓肿最常见的手术方式，其是将脓肿切开后持续引流脓液，直至脓液完全排尽，切口自然愈合。但若手术时切口不够大，皮肤可能先于脓肿愈合，未引流干净脓液中的致病菌继续繁殖，则会导致感染复发，再次形成肛周脓肿。另外，切开引流术不处理脓肿内口，较深的脓肿容易形成肛瘘，如果不进行后续的二次手术治疗，可能也会导致肛周脓肿反复发作。
2、根治性手术：其是在切开引流的基础上进一步扩大切开脓腔，尽量找到脓腔的内口，把内口切除，然后使脓肿完全开放，引流更加通畅，对于疾病的治疗比较彻底，一般不会复发。但若脓腔内口定位不准确，未完全切除脓肿，依然可能会导致肛周脓肿复发。
此外，若术后患者未遵医嘱用药，抗感染治疗不充分，或患者本身存在免疫功能受损（患有艾滋病、糖尿病等疾病，或长期接受免疫抑制治疗），也容易导致肛周感染反复发作，继而导致肛周脓肿复发。
总之，肛周脓肿手术后有一定的复发可能，患者术后应遵医嘱按时复查，及时发现复发迹象，并进行处理。