由于肛瘘的发生多与肛门直肠周围脓肿有关，因此可以通过保持肛周清洁、养成规律的排便习惯、合理饮食、适当运动、积极治疗原发疾病等方法进行预防。
1、保持肛周清洁：每天用温水清洗肛周，然后用柔软毛巾轻柔擦干，可以保持肛周清洁干燥，有助于预防肛周感染的发生，从而降低肛瘘的发生风险。
2、养成规律的排便习惯：便秘和腹泻等不规律的排便，都可能会造成肛管黏膜损伤，从而诱发肛门直肠周围脓肿，进而导致肛瘘的发生。因此，养成规律的排便习惯，积极防治便秘和腹泻，对预防肛瘘形成具有重要意义。
3、合理饮食：保证均衡饮食，适当增加饮食量及富含膳食纤维的蔬菜、水果、燕麦等食物，避免食用辛辣刺激或油腻的食物、避免吸烟饮酒，有助于预防便秘和腹泻的发生，从而降低肛瘘的发病风险。
4、适当运动：适当进行运动，避免长时间保持坐姿，可以改善排便、控制体重、增强体质，有助于预防肛瘘的形成。
5、积极治疗原发疾病：对于患有糖尿病、结核、溃疡性结肠炎、克罗恩病、痔疮、肛裂等疾病的患者，需要积极控制原发疾病，有助于降低肛瘘的发病风险。
值得注意的是，如果肛门周围皮肤出现红肿、疼痛等感染征象，患者应及时到正规医院的肛肠外科就诊，由专科医生明确诊断，并积极控制感染，从而避免脓肿形成，进而降低形成肛瘘的风险。如果已经形成脓肿或已经产生肛瘘，则需遵医嘱及时进行手术治疗，以免疾病进一步恶化，进而对患者的生活和健康造成不利影响。