甲硝唑胶囊用于治疗各种厌氧菌感染， 如败血症、心内膜炎、脓胸、肺脓肿、腹腔感染、盆腔感染、妇科感染、骨和关节感染、脑膜炎、脑脓肿、皮肤软组织感染、艰难梭菌引起的抗生素相关肠炎、幽门螺杆菌相关胃炎或消化性溃疡、牙周感染及加德纳阴道炎等。以下为本品的一些禁忌人群：
1、对本品或吡咯类药物过敏的患者、有活动性中枢神经疾病和血液病患者禁用本品。
2、肝功能减退的患者代谢慢，药物及其代谢物易在体内蓄积，应减量使用，要定期进行血药浓度监测。
3、念珠菌感染者应用本品，其症状会加重，需同时给抗真菌治疗。
4、厌氧菌感染合并肾功能衰竭患者，给药间隔时间应由8小时延长至12小时。