引起藏毛囊肿的原因及形成机制尚不明确，目前主要存在两种观点，一种观点认为是先天发育异常所引起的；另一种观点认为是后天因素刺激，造成毛发穿透臀间裂皮肤所导致的。
1、先天因素：早期学者认为，藏毛囊肿的形成，是由于髓管残留或骶尾缝发育畸形，从而导致皮肤的先天性缺损，进而引起表皮向内折叠所致。但研究发现，在婴儿的中线位肛后浅凹部位很少找到藏毛疾病的前驱病变，而成年人中却多见。
2、后天因素：目前大部分学者认为，藏毛囊肿的形成，是由于后天获得性因素所导致的。如先天遗传或激素分泌旺盛所致的毛发浓密粗硬、肥胖所致的臀间裂过深、久坐或经常开车所致的臀部长期摩擦刺激等原因，都可能毛发易于刺入臀间裂皮肤，从而在局部形成短通道，并在臀间裂的负压吸引、反复摩擦刺激下，逐渐形成囊肿。若不注意个人卫生和皮肤护理，可能引起囊肿感染，进而形成脓肿或窦道。
藏毛囊肿是一种发生于骶尾部臀间裂软组织内的囊肿，如果不及时治疗，可能会发生严重的感染或由于反复感染而形成窦道（藏毛窦），进而给患者的日常生活和身心健康造成严重影响。因此，建议骶尾部出现疼痛、肿胀或皮肤发红等症状时，应及时到正规医院的肛肠外科、皮肤科就诊，由专科医生明确诊断，通常需要根据病情及时进行手术治疗。
