藏毛囊肿是一种多发生于骶尾部臀间裂组织的囊肿，引起其发生的原因目前尚不十分明确，可能由于多毛、肥胖、局部摩擦或外伤、不注意个人卫生等因素，引起毛发刺入臀间裂皮肤所导致的。此外，也有学者认为是先天发育异常所导致的。
1、多毛：由于遗传、激素水平因素影响，可以导致毛发浓密、粗硬，尤其是臀间裂部位。而过多、过硬的毛发，易于刺入局部皮肤，进而导致囊肿形成。
2、肥胖：肥胖既可能会引起皮脂腺分泌旺盛而导致多毛，可能会导致臀间裂过深而增加其负压吸引作用，从而引起毛发易于刺入局部皮肤，从而增加本病的发病风险。
3、局部摩擦或外伤：长期保持坐姿或经常骑车、开车，可能会造成臀部皮肤过度摩擦或损伤，容易导致毛发刺入并穿透皮肤，进而形成囊肿。
4、不注意个人卫生：可能会增加局部皮肤发生感染、破损的风险，而对于已经形成囊肿者，还可能会引发感染，进而导致病情加重。
此外，早期研究认为，本病的发生，是由于髓管残留或骶尾缝发育畸形，从而导致皮肤的先天性缺损，进而引起表皮向内折叠所致。但随着研究的不断深入，越来越多的学者认为本病是由于一种或多种后天因素作用的结果。
建议可能存在藏毛囊肿的患者，应尽快到正规医院的肛肠外科、皮肤科就诊，由专科医生明确诊断，并根据病情及时进行手术治疗。患者不宜自行判断或讳疾忌医，以免引起病情迁延或反复发作，进而对日常生活和身心健康造成不利影响。