常规口服骨化三醇软胶囊时，主要副作用为高钙血症但发生率非常低，长期大量服用时，不仅可增加高钙血症的发生风险，还可能引起异位组织钙化、脂代谢异常等副作用。
1、高钙血症：由于骨化三醇能产生维生素D的作用，因此用药过量可引起高钙血症，主要表现为眩晕、恶心、呕吐、腹痛、肌无力、精神紊乱、烦渴、多尿、骨痛、肾结石、肾钙质沉着等，严重者可导致心律不全、意识障碍、昏迷等。
2、异位组织钙化：长期大量服用骨化三醇时，会导致患者血钙、血磷升高，造成血管、软组织等异位组织钙化现象，相关表现可以通过放射学检查而观察到。
3、脂代谢异常：钙与脂肪代谢存在潜在关系，具有抑制“储存脂肪激素”的作用。因此，长期大量服用骨化三醇时，患者可因血钙升高，间接影响脂代谢，造成脂代谢异常。
4、其他：例如过敏体质者会引起过敏反应等。
综上，对于口服骨化三醇软胶囊的患者而言，在治疗期间一定要定期检查血钙、血磷和甲状旁腺激素的水平，医生会根据检查的结果来调整使用剂量和疗程，如果发现异常需酌情减量，甚至停止治疗，待指标正常后再调整新的用药方案。