脑蛋白水解物一般耐受性良好，口服制剂如脑蛋白水解物片、脑蛋白水解物口服液尚未发现有关不良反应的报道，脑蛋白水解物注射液制剂注射过快会有轻度热感，极少数患者会出现寒颤、且多与病人体质有关。目前尚未发现患者用药后出现持久的不良反应或危及生命的案例。此外，患者用药期间应注意严格遵医嘱用药，过量使用可导致患者出现精神兴奋或紧张。
需要注意的是，一些患者不能使用本品或应在医生指导下慎用本品，如对脑蛋白水解物过敏者禁止使用，过敏体质者慎用，如果患者服药后出现严重的皮疹、瘙痒、呼吸困难的情况，请及时停药就医。孕妇以及哺乳期女性服用脑蛋白水解物的安全性暂时不明确，因此孕妇、哺乳期妇女禁用本品。严重肾功能不良的患者禁用本品。
患者也不宜在使用本品期间自行合用其他药物，尤其是抗抑郁药和单胺氧化酶抑制剂类药物，以免出现药物合用风险。