半夜3~5点醒来发现口干口苦可能是由于生理因素、睡眠因素、口腔因素、全身因素等多种原因所引起，不同的原因处理有所不同。
1、生理因素：包括环境干燥、白天饮水量不足等，都会导致自体水分不足，口腔和喉咙黏膜感到干燥和不适。针对这种情况，无需特殊治疗，适当补充水分，保持室温适度适宜即可。
2、睡眠因素：部分患者可能因鼾症、呼吸睡眠暂停综合征等疾病，导致睡眠中呼吸困难，从而出现睡觉时张口呼吸，使得空气没有经过鼻腔的湿润，直接进入到呼吸道，造成口干、口苦的感觉。针对这种情况，应积极控制体重，选用侧位睡眠，佩戴口腔矫治器，必要时可通过呼吸道正压通气治疗。
3、口腔因素：包括牙龈炎、牙周炎等，口腔在睡眠时会不断滋生大量细菌，加重牙齿表面的牙菌斑、牙结石与口腔中细菌等微生物的发酵反应，从而导致在睡醒后出现口干、口苦。针对这种情况，应通过洁治术等方式彻底去除菌斑、牙石，同时可在局部应用1%~3%过氧化氢液、0.12%~0.2%氯己定或碘制剂等来促进炎症消退。
4、全身因素：包括消化不良、慢性胃炎、慢性支气管炎等，由于呼吸道、消化道与口腔相通，因此呼吸系统、消化系统病变，也会引起类似表现。针对这种情况，应积极治疗原发疾病，例如慢性胃炎引起时，应医生指导下服用奥美拉唑、泮托拉唑等药物进行治疗；若为幽门螺杆菌阳性的患者，还需要遵医嘱应用抗生素。
综上，半夜醒来口干口苦的原因较为复杂，患者一般很难自行判断，如果症状持续不缓解，应积极前往正规医院口腔科、耳鼻喉科、消化内科等科室就诊，由专业医生进行判断并指导治疗。
