疏肝健脾丸和柴胡舒肝丸是两种不同的中成药，二者在功效、适应病症方面具有差异，在治疗方面各有侧重点，所以不能单纯说哪个药物好。
疏肝健脾丸由党参、山药、赤芍、郁金等组成，具有健脾和胃、疏肝理气的功效，主要用于肝郁脾虚证，表现为胸胁胀满、纳呆脘闷、大便溏软等。而柴胡舒肝丸由茯苓、麸炒枳壳、白芍、甘草、豆蔻、香附等组成，具有舒肝理气、消胀止痛的功效，主要用于肝郁气滞的人群，表现为胸闷、胁肋胀满、食滞不消、呕吐酸水等。
虽然疏肝健脾丸和柴胡舒肝丸都可以治疗肝郁，但疏肝健脾丸还兼有健脾的功效。有治疗需求者，建议到正规中医院或综合医院中医科就诊，由专业中医师辨证后，给予合适的治疗药物，以达到较好的治疗效果。不要随意乱用药物，否则不仅达不到治疗效果，还有可能掩盖原有的病情，延误诊断和治疗。