水蛭可以用于治疗血栓，但已存在三十年的血栓通常难以通过药物治疗溶解。
水蛭药性咸、苦、平，有小毒，归肝经，具有破血通经、逐瘀消癥的功效，用于治疗血瘀经闭、癥瘕痞块、中风偏瘫、跌扑损伤。水蛭素是水蛭唾液腺中的提取物，现代研究认为，水蛭素具有抗凝血、抗血栓形成、改善血液流变性、抗脑出血等药理作用。
血栓的形成主要是凝血酶水解蛋白后引起一系列复杂的变化，最终引起凝血，导致血栓的形成。而水蛭素可以与凝血酶结合，从而防止血栓的形成与发展。此外，水蛭素还被作为治疗弥散性血管内凝血症的有效药物成分之一。由于水蛭素可以起到抗凝血、抗血栓的作用，因此被广泛应用于静脉血栓、脑血栓等存在血栓疾病的治疗之中。
但对于已经形成的血栓，是很难通过药物直接溶解的。目前临床常用的治疗血栓的方法主要是抗凝疗法，即采用抗凝药物来防止新的血栓形成和现有血栓增大。因此，水蛭虽然有很强的抗凝作用，能防止新的血栓形成，但不能直接溶解已经形成的血栓，尤其是存在了多年的血栓。
