肾结石的取石方法包括药物排石、体外冲击波碎石、经皮肾镜碎石取石术、输尿管镜碎石取石术、腹腔镜输尿管切开取石和开放手术治疗，对肾的损伤程度依次增加，开放手术已很少使用。
1、药物排石：对于结石<0.6cm、表面光滑、结石以下尿路无梗阻的患者可采用药物排石治疗，根据结石的性质，服用相应药物让结石溶化，并随尿液排出体外， 比如尿酸性结石可口服别嘌呤醇片。治疗过程中需大量饮水，以增加尿量，帮助排石。
2、体外冲击波碎石（ESWL）：适用于直径≤2cm的肾结石，利用高能冲击波聚焦后作用于结石，使结石裂解粉碎，然后随尿液排出体外。ESWL是一种经实践证明的，安全而有效的非侵入性治疗，对肾的损伤很小。
3、经皮肾镜碎石取石术（PCNL）：适用于所有需手术干预的肾结石，从腰背部穿刺到达肾盏或肾盂，在肾镜下取出较小的结石，较大的结石粉碎后用水冲出。PCNL安全性较高，可与ESWL联合应用，治疗复杂性肾结石。
4、输尿管镜碎石取石术（URL）：适用于ESWL失败的肾结石，向输尿管内置入安全导丝，然后植入输尿管软镜，随导丝进入肾盂肾盏并找到结石，使用激光粉碎结石，较大的结石可用套石篮取出。URL失败者可进行腹腔镜输尿管切开取石，因存在明确的手术切口，肾损伤较大。
5、开放手术治疗：开放手术的肾脏损伤程度最高，仅在上述的体外碎石、内镜手术都无法根治的情况下才会使用。开放手术的术式包括肾盂切开取石术、肾实质切开取石术、肾部分切除术和肾切除术。
临床上对于肾结石的治疗，需要根据结石的性质、形态、大小、部位、患者个体差异等因素，实施个体化治疗，不能仅考虑对肾的损伤程度。建议患者配合医生完善检查，在医生指导下选择合适的取石方法。