甲功五项的指标都很重要，不存在某一项最重要的说法。甲功五项包括甲状腺素（T4）、三碘甲状腺原氨酸（T3）、促甲状腺素（TSH）、游离三碘甲状腺原氨酸（FT3）、游离甲状腺素（FT4）五个项目，每个指标都有其临床意义。
1、甲状腺素（T4）：T4增高主要见于甲亢、先天性甲状腺素结合球蛋白增多症，此外也可见于严重感染、心功能不全、肝脏疾病、肾脏疾病等。T4降低主要见于甲减、缺碘性甲状腺肿、慢性淋巴细胞性甲状腺炎、低甲状腺素结合球蛋白血症等，也可见于甲亢的治疗过程。
2、三碘甲状腺原氨酸（T3）：是诊断甲亢最灵敏的指标。甲亢时T3可高出正常人4倍,而T4仅为2.5倍。某些病人血清T4增高前往往已有TT3增高，可作为甲亢复发的先兆。因此T3具有判断甲亢有无复发的价值。T3增高而T4不增高是T3型甲亢的特点，见于功能亢进型甲状腺腺瘤、多发性甲状腺结节性肿大。T3指标通常不用于甲减的诊断。
3、促甲状腺素（TSH）：TSH增高多见于原发性甲减、垂体瘤等疾病，TSH降低多见于甲亢、继发性甲减等。
4、游离三碘甲状腺原氨酸（FT3）：对诊断甲亢非常灵敏，FT3增高还可见于甲亢危象、甲状腺激素不敏感综合征等。FT3减低见于低T3综合征、慢性淋巴细胞性甲状腺炎晚期、应用糖皮质激素等。
5、游离甲状腺素（FT4）：FT4对诊断甲亢的灵敏度明显优于T4，FT4增高还可见于甲亢危象、甲状腺激素不敏感综合征、多结节性甲状腺肿等。FT4减低主要见于甲减，应用抗甲状腺药物、糖皮质激素、苯妥英钠、多巴胺等，也可见于肾病综合征等。
甲功五项通常应用于可疑或存在明显甲状腺功能异常的患者的检查和定期复查，可以了解患者是否存在甲状腺功能异常，明确下一步的诊断和治疗方案，或者了解甲亢或甲减患者治疗的效果，及时调整治疗方案。
