在检查肛门时，既可能是趴着，也可能是躺着。通常根据检查者的习惯、诊室的桌椅条件、患者的病情等因素进行选择。临床常见姿势包括左侧卧位、胸膝卧位、截石位等。
1、左侧卧位：需要患者面向左侧躺在检查床上，右膝和右髋部弯曲，拉向胸部，而左腿则稍微伸直。这个体位，有利于习惯用右手操作的检查者进行操作检查。同时，采取左侧卧位时，肠道不易受压，有利于检查快速、无阻碍地进行。
2、膝胸卧位：又称肘膝位，需要患者将双膝关节弯曲成直角跪于检查床上，同时将头颈部、胸部、双肘部均贴在床上，从而将臀部抬高，以方便检查者进行检查操作。
3、截石位：需要患者仰卧在检查床上，将臀部靠近床边、双腿放在左右两侧的支腿架上，从而充分暴露肛门部位，有利于检查者进行检查操作。
4、其他：也可以采取弯腰前屈位、蹲位等进行检查。
在临床上，肛门检查主要包括肛门外观检查和肛门指诊（直肠指诊），对发现肛门、肛管、低位直肠及前列腺、子宫、卵巢等部位病变具有重要意义。因此，对于健康人群体检，不明原因便血、大便次数增多、排便习惯改变、肛门有坠胀感、有肠息肉病史者，以及可能存在前列腺病变的男性、需要配合双合诊进行妇科检查的女性等，均应及时到正规医院就诊，由专科医生进行检查、操作。