尿路感染的药物治疗以抗菌药物为主，具体药物的选择需要医生根据病情、发病部位及病原学检查结果决定。通常在无病原学结果前，先进行经验性治疗。治疗3天症状无改善，再按药敏结果调整用药。如果单一药物治疗失败，出现严重感染、混合感染和耐药菌株，应联合用药。
1、急性膀胱炎：复方磺胺甲噁唑、呋喃妥因和磷霉素为一线推荐药物，疗效较好，且对正常菌群的影响较小。其他药物如阿莫西林、头孢菌素类、喹诺酮类药物也可选用，但不推荐喹诺酮类中的莫西沙星，因为该药不能在尿中达到有效浓度。
2、肾盂肾炎：病情较轻者可口服喹诺酮类（如氧氟沙星、环丙沙星）、半合成青霉素类（如阿莫西林）、头孢菌素类（如头孢呋辛）等治疗。严重感染者需静脉给药，常用氨苄西林、头孢曲松钠等，可于症状好转后改为口服抗生素。
3、反复发作尿路感染：反复发作的患者，需采取长疗程低剂量抑菌治疗，可遵医嘱交替服用复方磺胺甲噁唑、呋喃妥因、氧氟沙星等药物。
4、其他：妊娠期女性需要选择毒性小的抗菌药物，如阿莫西林、呋喃妥因或头孢菌素等。复杂性尿路感染患者需要根据尿培养结果选择用药，同时积极治疗基础疾病。无症状性菌尿患者一般不需要治疗，若为孕妇、学龄前儿童或存在肾移植、尿路梗阻等情况，可根据药敏结果进行短疗程用药。
需要注意的是，上述药物均为处方类药物，患者需要严格按照医嘱用药，不能擅自加减药量或更换药物种类，要保证足量、足疗程的用药，以免治疗不彻底造成病情反复发作。
