阴道上面有个小孔，可能是尿道外口或处女膜，属于正常的生理结构。但如果是新出现的小孔，则可能是直肠阴道瘘的瘘口。
1、尿道外口：女性的尿道外口在阴道前庭处，位于阴道口的上方、阴蒂头的下方，为一不规则的椭圆小孔。其是女性的排尿器官，尿液由此流出。
2、处女膜：处女膜是阴道口的一层薄膜，膜中间有孔（处女膜孔），月经血就是由此孔流出。未性交女性的处女膜孔一般呈环形、中隔形、筛形、半月形等。
3、直肠阴道瘘：直肠阴道瘘是由于先天发育缺陷或者产伤、手术等后天因素所导致的直肠和阴道之间的瘘管，患者的粪液可经此进入阴道而排出体外，还会出现阴道排气等异常情况。
综上所述，如果女性发现阴道上面有小孔，并怀疑存在异常情况，可到医院妇科就诊，由专业医生进行详细的检查，以明确诊断。