治疗肠鸣需要根据引起肠鸣的原因而选择针对性治疗，不存在一概而论的最好方法。引起肠鸣的原因包括饥饿、进食产气食物等非疾病原因，以及消化不良、急性胃肠炎、肠梗阻等疾病原因。
1、非疾病原因：过度饥饿会导致肠道蠕动速度增加，进食过多豆类、萝卜等容易产气的食物，可能会导致肠道内产生大量气体，都可能造成肠鸣。这些情况下不需要采取特殊治疗，适当进食，按摩腹部等措施可以缓解症状。
2、消化不良：未消化的食物堆积在胃部，发酵后产生大量气体，进而造成肠鸣。这类患者可以服用多潘立酮片等促胃肠动力药帮助消化，从而缓解症状。
3、急性胃肠炎：炎症刺激肠黏膜，会导致肠蠕动加快，进而造成肠鸣。急性胃肠炎为自限性疾病，部分患者可以自行恢复。如果病情较重，可以遵医嘱进行药物治疗，常用药物有抗生素（如盐酸环丙沙星片、乳酸左氧氟沙星片、甲硝唑片等）、益生菌（如双歧杆菌乳杆菌三联活菌片等）。
4、肠梗阻：肠梗阻导致肠道内容物难以排出，贮存在肠道内，发酵后会产生气体，造成肠鸣。这类患者需要尽快就诊，可通过持续胃肠减压排出胃内的气体，也可以通过灌肠清除肠道粪便。必要时还可手术切除梗阻肠段。
5、其他病因：肠易激综合征、肠道寄生虫感染、肠炎等疾病也可造成肠鸣，需遵医嘱进行相应治疗。
由于多种原因都可导致肠鸣，所以建议患者如果在肠鸣外，还存在腹痛、恶心、呕吐等不适，应及时到医院消化内科就诊，通过血常规、便常规、便培养、腹部X线、超声、CT等检查明确病因，并在医生指导下进行治疗。