鬼臼毒素酊一般建议一日两次，即早晚各一次，涂药前先用消毒、收敛溶液（如高锰酸钾溶液等）清洗患处、擦干；然后用特制药签将药液涂于疣体处，涂遍疣体，不需要重复并尽量避免药液接触正常皮肤和粘膜；每次用药总量勿超过1ml，涂药后暴露患处使药液干燥；每日用药2次，连续3天，停药观察4天为一疗程。如病灶尚有残留可重复一个疗程，但最多不超过三个疗程。用药结束后，要立即盖紧瓶盖，防止药液挥发。
需要注意的是，由于本品可使疣体脱落，造成皮损，则面积较大的疣体如直径大于2厘米或病损部位大、范围广的尖锐湿疣不宜使用本品，以上患者应在医生指导下选择更为合适的药物进行治疗。
此外，由于本品具有一定的刺激作用，多数患者用药后涂药部位可出现不同程度的烧灼感或刺激感，以及红斑、水肿和糜烂，脱落后局部可出现红斑或浅表糜烂，属于用药后的正常反应，一般情况下无需停药。