650nm激光照射鼻腔在某些情况下，可能会有一些危害，比如会对鼻腔内的生物组织产生刺激作用，包括毛细血管网、黏膜、淋巴系统、神经系统等。如果用于治疗的激光功率过高，或者照射时间过长，可能会对鼻腔内的细胞和组织造成损伤，从而引起鼻腔干燥、鼻出血、鼻腔感染等问题。
另外，即使在正确的操作下，这种治疗方法也可能存在过敏反应的风险，可能会引起光敏性皮炎、荨麻疹等。而且，如果用于治疗的激光设备未经适当校准或清洁，也可能导致激光散射或反射，从而对眼睛或其它周围组织造成潜在的伤害。
需要注意的是，并非所有患者都会出现上述情况，激光照射鼻腔对人体还是有好处的，包括改善血液流变学和促进组织修复等，但并不一定适用于所有人。对于某些特定的人群，比如孕妇、有严重鼻部疾病或眼部疾病的人，以及正在接受某些特定药物治疗的人，可能需要避免使用这种治疗方法。