PQQ和辅酶Q10是两种不同的营养补充剂，由于二者具有不同的作用及适应症，因此通常不能简单进行比较。
1、PQQ：又称吡咯喹啉醌，是一种氧化还原酶辅基，具有较强的抗氧化性，因此PQQ具有较好的延缓衰老、调节免疫的作用。由于PQQ有益于线粒体的生成和修复，可以改善能量代谢过程，因此PQQ可以缓解疲劳。此外，PQQ还具有保护神经元并刺激神经生长因子的产生作用，因此可以辅助治疗神经退行性疾病（如帕金森病、阿尔茨海默病）和认知衰退等。
2、辅酶Q10：是一种为机体内广泛存在的脂溶性醌类化合物，具有促进氧化磷酸化反应和保护生物膜结构完整性的功能。在临床上主要用于营养心肌和改善心肌代谢，常可用于病毒性心肌炎、慢性心功能不全等心血管疾病。此外，辅酶Q10还具有较好的抗氧化作用，可用于肝炎及癌症的治疗。
此外，一些研究表明，联合使用PQQ和辅酶Q10可以增强它们的功效，特别是对心脏和大脑的保护作用。因此，建议有营养补充剂需求的人群，应在专科医生或药师指导下选择合适的产品，以提高保健治疗效果。患者不宜自我诊断或自行选择，以免增加用药风险。