艾灸的顺序一般为先阳后阴、先上后下、先少后多，这样可以达到更好的治疗效果。
1、先阳后阴：中医认为人体上部、背部、四肢外侧为阳，下部、腹部、四肢内侧为阴，艾灸时应先灸属阳部位，再灸属阴部位。这样可以达到阴平阳秘的目的，避免亢胜的弊端。
2、先上后下：是指先灸头面躯干部后灸四肢部，或先灸头面与胸部后灸腹部和下肢部，以达到阴升阳降、水升火下、水火既济的效果。
3、先少后多：是指初灸者刺激量宜先小后大，以便逐渐适应。
需要提醒的是，除了艾灸顺序与根据证型选择穴位外，艾灸的时间也很重要，比如最适合的季节是夏季、调理脾胃可以在9-11时施灸、养肾在17-19时施灸、失眠要在临睡前施灸、养生保健宜在10-11时或14-16时施灸、头面胸部穴位的施灸时间通常为20-30分钟、四肢末端皮薄而多筋骨处的施灸时间通常为30-40分钟等，具体还应该根据患者反应情况、艾灸强度等进行调整，以免对机体造成负面影响。