无法比较百多邦软膏和红霉素软膏哪个好，因为这是两种不同的药物，有不同的适用情况。
百多邦软膏的主要成分是莫匹罗星，主治由革兰阳性球菌引起的皮肤感染，如脓疱病、疖肿、毛囊炎等原发性皮肤感染及湿疹合并感染、溃疡合并感染、创伤合并感染等继发性皮肤感染。百多邦软膏适用于皮炎、湿疹患者，还有预防皮损处继发感染的作用。
红霉素软膏为大环内酯类抗生素，对大多数革兰阳性菌、部分革兰阴性菌及一些非典型致病菌如衣原体、支原体均有抗菌活性。红霉素软膏适用于脓疱疮等化脓性皮肤并小面积烧伤、溃疡面的感染和寻常痤疮。在外科手术、伤口的痊愈、皮肤的溃烂等方面，红霉素软膏运用显著，效果明显。
综上，百多邦是结合制剂软膏，对肌肤的亲和力小，刺激小，而红霉素软膏就是单纯的大环内酯类抗生素，一般用于比较严重的外伤炎症，杀菌效果比较好。百多邦软膏对皮肤感染的效果较红霉素软膏显著，红霉素软膏则使用的范围较百多邦软膏广。