百令胶囊的副作用为个别患者咽部不适，而金水宝的副作用尚不明确。从说明书来看，金水宝的副作用要小一些。
百令胶囊和金水宝都是临床常用的中成药，它们的成分都是发酵的冬虫夏草菌粉，它们的功效都是补益肺肾，用于治疗肺肾两虚引起的咳嗽、腰痛，还用于慢性支气管炎、慢性肾功能不全的辅助治疗等。
百令胶囊和金水宝之间最重要的区别就是发酵培养时所用的菌种不同。百令胶囊所用的菌种是中华被毛孢，金水宝所用的菌种是蝙蝠蛾科拟青霉菌。它们虽然都是麦角菌科虫草属的真菌，但是不同菌种发酵得到的虫草菌粉的作用、特点会有所区别。研究发现，金水宝所用菌种的有效性最接近野生冬虫夏草。
百令胶囊和金水宝都是既有处方药也有非处方药，处方药必须经过医生明确诊断之后才能使用，请严格遵医嘱用药。非处方药需遵照说明书指导谨慎使用，出现任何疑问也要及时咨询医生。不要在百令胶囊和金水宝之间随意换药。用药期间如果症状不见好转，或出现其他不适症状，要及时咨询医生。