复方消化酶胶囊通常不会对胃黏膜有害。
复方消化酶胶囊是促消化药物，含有胃蛋白酶、淀粉酶、胰蛋白酶等多种消化酶，能够帮助食物的消化吸收，适用于食欲缺乏、消化不良的患者，包括腹部不适、嗳气、早饱、餐后腹胀、恶心、排气过多、脂肪便，也可用于胆囊炎和胆结石以及胆囊切除患者的消化不良。
复方消化酶胶囊作为胶囊制剂，本身对胃黏膜的刺激程度就较轻。胶囊外层是由可以溶解的物质制成的，它可以为药物提供一个保护性的外壳，这样可以减少药物与胃黏膜的直接接触，通常会在胶囊达到肠道后开始溶解释放药物，能更好地发挥药效并减少胃部不适。胶囊内容物为各种消化酶，是消化系统本就可以分泌产生的物质，也不会对胃肠道造成损伤。
综上，复方消化酶胶囊是较为安全的药物，不会对胃黏膜有害。但每个人对药物的反应不同，如果用药后出现恶心、呕吐等不适，可及时就诊告知医生，由医生按治疗需求调整用药方案。
