喝了三天益生菌便秘好了，是因为益生菌为一类对肠道健康有益的活性微生物，在服用后可通过调节肠道内的菌群平衡，抑制有害菌的生长，减轻肠道炎症，提高肠道的蠕动功能，增加肠道的蠕动频率和力度，从而帮助大便更快地排出体外。此外，益生菌还能通过增加肠道上皮细胞间的连接，增强肠道屏障功能，减少水分的丢失和有害物质的吸收，从而使大便变得更加柔软、更容易被排出。
此外，喝益生菌还可通过保护肠道不受有害微生物侵袭，在一定程度上增强机体免疫功能；通过直接补充胃肠道所需菌群，促进维生素、微量元素、蛋白质等营养物质在胃肠道的吸收；通过调节体内的免疫球蛋白，减少组织胺的生成，从而缓解过敏引起的流涕、皮肤瘙痒、皮疹、打喷嚏等症状。
需要提醒的是，虽然喝益生菌的好处较多，但不建议长期服用，以免对机体健康产生不良影响。