六君子丸具有补脾益气、燥湿化痰的功效，一般用于治疗脾胃虚弱、食量不多、气虚痰多、腹胀便溏。在实际使用中，可以将六君子丸和补中益气丸、归脾丸、六味地黄丸等药物搭配，起到协同增效的作用。
1、补中益气丸：补中益气丸具有补中益气、升阳举陷的功效，用于治疗脾胃虚弱、中气下陷导致的倦怠乏力、食少腹胀、肛门下坠或脱肛等。与六君子丸搭配使用，可以增强补脾的作用，适合脾胃虚弱导致食欲不振、恶心呕吐、倦怠乏力的人群使用。
2、归脾丸：归脾丸具有益气健脾，养血安神的功效，用于心脾两虚证，具体可见心慌气短、失眠多梦、头昏头晕、乏力、食欲不振等症状。与六君子丸搭配使用，既能增强补脾的作用，又能养心安神，适合心脾两虚、食欲不振、失眠多梦的人群使用。
3、六味地黄丸：六味地黄丸具有滋阴补肾的功效。可用于治疗肾阴亏损导致的头晕耳鸣、腰膝酸软、潮热、盗汗、遗精等。脾为后天之本，肾为先天之本，因此脾肾两脏经常相互促进滋生，如果脾虚日久，则会影响到肾，而出现脾肾两虚的情况。六味地黄丸与六君子丸搭配使用，既能补脾益气又能滋阴补肾，适合脾肾两虚的人群使用。
除了以上这几种搭配外，六神丸还可以和附子理中丸、橘红丸、逍遥散等搭配使用，都能起到很好的效果。但需要注意的是，具体该如何搭配用药需由医生决定，患者应当在医生辨证论治，辨明病因病机后，遵医嘱用药，不要自行搭配用药，以确保用药安全。