女性长期吃灵芝孢子粉可能会出现便秘的症状。常规剂量服用灵芝孢子粉一般不会产生严重的副作用，不过，有极少数人群服用后会发生轻微不良反应，如便秘、精神亢奋等，一般停用后症状会自行缓解，若停用后症状仍未缓解或逐渐加重，需及时到医院就诊。
灵芝孢子粉有一定的增强机体免疫力、保护肝脏等作用。现代研究表明，灵芝孢子粉所含的灵芝多糖具有免疫调节作用，可以增强免疫系统的机能；灵芝孢子粉所含的灵芝三萜对肝损伤都具有比较明显的保护作用，还能够促进肝细胞的再生。除此之外，灵芝孢子粉还具有调节血脂、降低血糖等效果。
值得提醒的是，灵芝孢子粉是大补之物，食用后会让人体内虚火过旺，容易出现口干怕热等症状，因此阴虚火旺的人不建议食用。另外，大出血后食用灵芝孢子粉会加速血液流动，增加出血量，所以动手术之后或产妇生产之后不建议食用。
