申脉穴的最佳按摩时间是15-17时。
申脉穴是足太阳膀胱经的一个腧穴，而源于《内经》天人相应理论的子午流注针法认为人体气血在经脉中的循行流注情况有着像潮水一样定时涨落、盛衰开阖的变化，恰好在申时（15-17点钟）达到膀胱经。因此，此时刺激申脉、委中、大肠俞等膀胱经上的穴位，可以更好地发挥疗效。
因膀胱经主要治疗神志病、头面五官病、下肢病等，而申脉穴又是八脉交会穴之一，阳跷脉的起始穴，所以按摩申脉穴不仅可以帮助治疗头痛，眩晕、失眠、癫狂痫、腰腿酸痛等病证，还可用于日常保健。
需要提醒的是，在确定申脉穴后，可先将食指和中指合并，然后用两指揉按申脉穴100-200次，并做环状按摩，力度不要过大，以自觉轻微酸胀为宜，以免导致局部皮肤、肌肉损伤。