石斛夜光丸和杞菊地黄丸都是临床常用的补益类中成药，都能够滋补肝肾，两者的临床疗效不分上下，所以不能说哪个药更好，只能说哪个药更适合您。
石斛夜光丸由石斛、人参、山药、茯苓、甘草、肉苁蓉等中药组成，具有滋阴补肾、清肝明目的功效，用于治疗由肝肾两亏所致阴虚火旺、内障目暗、视物昏花。在医生的指导下，本品除用来治疗内障目疾、头昏脑涨、目昏，以及白内障、青光眼、视网膜炎、脉络膜炎、视神经炎等眼疾外，还引伸应用于治疗因肝肾虚所致的神经性头痛、耳鸣耳聋、高血压、更年期综合征等，均收到较好的疗效。
杞菊地黄丸由枸杞子、菊花、熟地黄、酒萸肉、牡丹皮、山药、茯苓、泽泻组成，具有滋肾养肝的功效，用于肝肾阴亏导致的眩晕、耳鸣、双目干涩、眼睛怕光、迎风流泪、视物模糊，以及有上述症状的原发性高血压、老年性白内障初期、干眼症等。在医生的指导下，本品还用于治疗2型糖尿病、慢性肾盂肾炎、预防先兆子痫、老年黄斑变性等。
总之，石斛夜光丸和杞菊地黄丸的药物组成和具体功能主治均不相同，患者具体选择哪个药物应根据个体情况和具体的症状来决定。