小肠镜和胶囊内镜相比较，小肠镜相对来说更准确。
小肠镜可以直接观察到小肠的黏膜情况，如果发现病变，还可以反复观察，并取活组织进行病理检查，在诊断方面具有较高的准确性。而胶囊内镜是让患者吞下一枚带有摄像头的胶囊，通过摄像头拍摄小肠的内部情况，可以观察整个小肠，但无法停留和进行活检，因此在准确性方面可能略逊于小肠镜。
小肠镜的除了诊断外，还可进行一些治疗操作，如止血、息肉切除等，但对操作技术要求较高，检查过程中可能会有一些不适，需要专业且经验丰富的医生操作。胶囊内镜操作简便，患者舒适度高，但胶囊可能会有卡顿的风险，且不适用于肠腔狭窄、肠梗阻等情况。
综上所述，小肠镜和胶囊内镜都有一定的优缺点，医生会根据患者的具体情况，选择合适的检查方法。