胸腺五肽和胸腺法新的化学结构、功能主治、药理作用等方面存在不同，不能直接对比两者哪个更好。胸腺五肽是由五个氨基酸组成的多肽类物质，胸腺法新又称为胸腺肽α1，其结构更复杂一些。
胸腺五肽可以用于治疗（1）18岁以上的慢性乙型肝炎患者；（2）各种原发性或继发性T细胞缺陷病，如儿童先天性免疫缺陷病；（3）某些自身免疫性疾病，如类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮等；（4）各种细胞免疫功能低下的疾病，如病毒性肝炎、预防上呼吸道感染、顽固性口腔溃疡等；（5）肿瘤的辅助治疗等。本品具有双相免疫调节的作用，可诱导T淋巴细胞的比例趋于正常。
胸腺法新主要用于治疗慢性乙肝的治疗和免疫调节。本品治疗慢性乙肝和增强免疫系统反应性的作用机制尚未完全阐明，体外试验显示，本品可以促进T淋巴细胞成熟、增加抗原或丝裂原激活后T细胞分泌的干扰素的水平，同时增加淋巴细胞因子受体的水平等。
胸腺五肽和胸腺法新的疗效和使用情况可能因个体差异、病情严重程度和其他因素而异，两者均需在医生指导下使用。如果您正在考试选择以上两种药物，建议患者咨询医师，医生会根据您的具体情况给您制定个体化的治疗方案。