真菌和细菌都是常见病原体，主要区别在于细胞结构、感染特点、治疗方式等。
1、细胞结构：真菌是真核生物，细胞结构相对复杂，细胞内存在细胞核和细胞器，细胞壁主要由纤维素和壳聚糖组成。细菌是原核生物，其细胞结构相对简单，不具备真核生物的细胞核和细胞器，遗传物质以单环状的DNA存在于细胞质中，细胞壁主要由肽聚糖构成。
2、感染特点：真菌感染通常发生于皮肤、指甲、头发、黏膜（如口腔、阴道、肺部）等暴露于外界的表面部位，真菌常发生机会性感染，也就是在正常情况下不发病，而在免疫力低下时，定植真菌转化为更具有繁殖和侵袭能力的形态，发生病变。细菌感染相较而言更为常见，可发生于各个部位。
3、治疗方式：真菌感染需要使用抗真菌药物治疗，比如氟康唑、伊曲康唑等，且通常疗程更长，这是因为抗真菌药物种类相对较少，而且真菌的菌丝结构附着于组织，形成的孢子能抵抗环境压力，彻底清除真菌更为困难。细菌感染主要使用抗生素治疗，抗生素种类繁多，通常先使用抗菌谱广的广谱抗生素，再根据后续细菌培养和药敏试验结果，针对性使用敏感抗生素。
总的来说，真菌和细菌是两类常见的病原体，有时候真菌和细菌引起的感染症状可能相似，临床上需根据多种病原检测方式来明确诊断，并采取相应的治疗措施。
