目前，尚没有任何一种药物可以根治灼口综合征，不过药物通常作为灼口综合征治疗的组成部分，可帮助缓解症状，控制病情，提高生活质量。
1、氯硝西泮：灼口综合征为公认的身心疾病，对于疼痛比较顽固，且伴有明显焦虑、抑郁情绪者，氯硝西泮为目前的首选治疗药物。多项研究显示，局部或全身应用氯硝西泮，可有效缓解患者疼痛症状，但无法改善味觉障碍、口干等症状。但是，目前尚无统一的治疗方案，具体的给药方式、剂量、用药频率、用药时间等，仍待进一步研究证实。此外，长期、大量使用本品，可能导致困倦、嗜睡、镇静、皮疹、荨麻疹、瘙痒、水肿等副作用，尤其是老年患者，故应避免长期、大量使用。
2、硫辛酸：硫辛酸是一种神经保护剂，基于部分患者存在外周或中枢神经系统病变的发病机理，服用硫辛酸也可有效改善患者的疼痛症状，特别是与认知行为疗法或加巴喷丁联用时。
3、治疗神经病理性疼痛药物：鉴于灼口综合征病因的复杂性，部分患者使用神经病理性疼痛药物可获得一定治疗效果，目前常作为替代的用药方案。常用的药物有阿米替林、加巴喷丁、度洛西汀等。
4、其他：包括非甾体抗炎药、甲钴胺片、复合维生素片、维生素B2片、谷维素片等，也可用于灼口综合征的辅助药物治疗。
除药物治疗外，心理治疗、低能量激光治疗、手术治疗、中医治疗等多种治疗方法，均可用于灼口综合征的治疗，其中，继发性患者（如糖尿病、自身免疫性疾病、口腔感染、过敏等）还需针对原发病进行治疗。
