非淋菌性尿道炎主要通过口服药物治疗。在治疗过程中，要选择对衣原体、支原体有效的药物，如喹诺酮类、大环内酯类或者新型的四环素类，一般来说，进行一到两周口服药物治疗就可以了。非淋菌性尿道炎是性传播疾病，如果有性生活，应建议配偶去进行相应的检查，如果配偶有感染，就要一同接受治疗。