治疗非淋菌性尿道炎时应使用对衣原体、支原体有效的药物，如喹诺酮类、大环内酯类或者新型的四环素类药物。此外，由于非淋菌性尿道炎为性传播疾病，配偶在进行相应的检查之后也要一同治疗。

非淋菌性尿道炎一般需口服药物1~2周进行治疗。在国外，由于耐药菌株相对较少，有时口服1周药物即可；在我国，由于耐药菌株相对较多，一般建议服用2周药物。