男性支原体感染可以是无症状的，也可以是有症状的，如尿频、尿急、尿不尽、尿痛、尿道瘙痒和分泌物等。临床上很多感染支原体并有相应症状的患者可以查到支原体阳性，而部分患者无法查到支原体，但是如果患者有不洁的性交史，此时也可诊断为非淋菌性尿道炎。此外，还有一种支原体叫生殖支原体，临床上一般检测方式无法检测到。因此诊断支原体感染以典型症状和流行病学为主，不能单纯以病原体的检测为依据。