上下颚咬合耳根处疼痛能否自愈，取决于疼痛的原因，不能一概而论。
1、可能自愈的情况：颞下颌关节紊乱综合征可导致上下颚咬合时耳根处疼痛，其属于自限性疾病，可能会自愈。但若病情较为严重，可采用对乙酰氨基酚、布洛芬等药物进行治疗。若药物治疗欠佳，可考虑外科手术治疗。
2、不能自愈的情况：颞下颌关节脱位、智齿冠周炎、根尖周炎、外耳道炎、中耳炎等，也可能导致上下颚咬合时耳根处疼痛，但这些疾病都不会自愈，患者应及时就医诊治。
综上所述，导致上下颚咬合耳根处疼痛的原因多种多样，建议患者及时前往正规医院口腔科或耳鼻喉科就诊，在医生指导下进行相应的检查以明确病因，并给予针对性的治疗，不要寄希望于自愈，以免延误治疗时机，造成不良后果。