甲状腺结节属于中医瘿瘤证范畴，古代就有肉瘿、石瘿、瘿痈等术语。中医认为气滞、痰凝、血瘀是甲状腺结节的三个主要病因病机，往往相互搏结，壅结于颈部而致。由于女性多情志不舒，肝郁气滞，所以甲状腺结节女性多见，又常合并乳腺增生、子宫肌瘤等。中医治疗甲状腺结节，则分别以疏肝解郁、化痰散结、活血化瘀为主要治疗方法。
以气滞为主的，则疏肝解郁用柴胡舒肝散、逍遥丸加化痰散结药物；若出现肝郁化火，则加黄芩、栀子、夏枯草这些清热疏肝药物；痰凝为主，则化痰散结用消瘰丸、四海舒郁丸为主进行加减；瘀血明显，则加用活血化瘀通络药物，常用桂枝茯苓丸加减治疗，或加土鳖虫、丹参、红花等活血化瘀药物；个别患者阳虚体质，可用阳和汤加减治疗。
很多中药具有散结化痰作用，经常在处方中使用，比如连翘、土贝母、荔枝核、橘核、猫爪草、莪术、三棱等等。对于含碘量很高的昆布、海藻等中药的使用，一定在排除桥本氏病、甲功正常的情况下适量使用。
需要注意的是，除了内服中药以外，还可以联合外敷、针灸等治疗。但无论采用哪种治疗方法，甲状腺结节的治疗时间很长，一般至少连续治疗3个月才会有效果。而且，基本上无法把结节完全消掉。