扁桃体结石的原因目前尚不十分清楚，但多认为与慢性炎症刺激和隐窝口堵塞有关。此外，不注意口腔卫生、高龄或吸烟等也可增加本病的发生风险。
1、慢性炎症刺激：当扁桃体发生慢性炎症时，这种炎症状态会导致扁桃体组织结构的变化，可能使扁桃体内的淋巴细胞和其他免疫细胞产生更多的死细胞和其他细胞碎片。如果这些细胞碎片、死细胞、细菌、病毒、食物残渣等积聚在扁桃体的小凹陷（隐窝）中，则随着时间的推移可能会形成较硬的结石。
2、隐窝口堵塞：当异物或慢性炎症反应导致扁桃体隐窝口堵塞时，随之脱落的上皮细胞、死亡的细菌、食物残渣和黏液等分泌物会在扁桃体凹陷处或缝隙聚集，如果不能及时排出，则随着时间的推移，钙盐会在此沉着，或者组织发生退行性钙化，从而形成结石。
总而言之，为了预防扁桃体结石，应注意加强口腔的清洁卫生、积极治疗龋齿等牙齿问题、定期锻炼身体、戒烟限酒等。
