引发结石的原因较多，如代谢异常、局部炎症以及应用某些药物等，具体因结石发生的部位不同而有所差异。
1、尿路结石：可能是因为尿钙、尿酸、胱氨酸等形成结石的物质排出量增加，尿pH改变，或尿中抑制晶体形成和聚集的物质（如枸橼酸、焦磷酸盐等）减少所致；也可能是因为尿路梗阻、感染和尿路存在异物所引起。此外，应用乙酰唑胺、维生素D、氨苯蝶啶、茚地那韦等药物，也可能引发结石。
2、胆结石：是胆道动力学改变、胆汁成分改变以及胆道感染三者综合作用的结果。其中。溶血、慢性细菌感染和寄生虫感染常被认为是胆色素结石形成的主要因素；而胆汁成分改变、胆道运动紊乱、胆汁成核动力学稳态的紊乱是胆固醇结石形成的重要因素。
3、前列腺结石：确切病因目前尚未完全清楚，一般认为可能与前列腺炎症、前列腺增生、尿道狭窄等因素有关。
需要提醒的是，结石的发生与多种因素有关，因此治愈后存在复发的可能，建议患者平时保证良好的饮食及生活习惯，如均衡饮食、不饮生水、适当运动等。