合胞病毒肺炎的后遗症包括慢性呼吸问题、儿童发育问题、心脏并发症等，多在婴幼儿和有慢性健康问题的人群中发生。
1、慢性呼吸问题：有研究表明，婴幼儿期的严重合胞病毒肺炎，可能导致长期的气道高反应性，使得患儿对冷空气、烟雾等刺激更为敏感，病后数年间反复出现咳嗽、喘息，少部分患儿最后可进展为支气管哮喘。
2、儿童发育问题：在一些极端情况下，合胞病毒肺炎可导致病毒扩散到全身，继而影响儿童的神经发育，尤其是在1岁以下的早产儿中。
3、心脏并发症：虽然少见，但严重的合胞病毒肺炎可能并发病毒性心肌炎，继而影响心脏功能。本就存在心脏疾病的患者也会在合胞病毒肺炎发病期间出现心衰加重。
虽然合胞病毒肺炎的后遗症较为严重，但是在实际临床中，后遗症很少发生。多数患者为轻度感染，早期及时治疗可实现恢复，预后良好，仅少数患者因治疗不及时，或基础健康状况较差，会遗留长期后遗症。